Description of the OOCDB
Overview of the OOCDB
数据库背景
为了建立共享技术规范和标准，提升器官芯片大数据的利用水平，促进器官芯片大数据挖掘，为生物医学科技创新和产业快速发展提供重要保障。我们设计了东南大学器官芯片数据库（OOCDB），这个数据库主要用于器官芯片科学数据的存储、访问、共享，具体包括：（1）细胞组织器官数据库；（2）器官芯片装置数据库；（3）药物化合物库；（4）器官芯片实验数据库；（5）用户及平台数据库。
研究组成
| 组成 | 描述 |
|---|---|
| 测定方法 | 用于测定测定目标的测定方法。 |
| 分析目标 | 用于评估OOCDB模型响应的目标。测定目标与用于测量反应的方法相关。 |
| 细胞样本 | 在OOCDB模型中使用的细胞样本。细胞类型和细胞起源作为细胞样品的一部分包括在内。 |
| 成分 | 用于OOCDB研究和/或功能的化合物。化学性质来自参考来源。 |
| 设备 | 单击OOCDB型号中使用该设备的选项，以查看该设备的详细信息。 |
| 疾病 | 收录到OOCDB中的疾病。 |
| 定位 | 设备中可以添加治疗和/或去除样品的位置。 |
| 模型 | OOCDB中的模型，可以选择单击模型并查看模型设计的详细信息。 |
| 设置 | 用于描述研究设计的设置。 |
| 其他组件 | Options to view additional components of a study are under development. |
Study Data Organization
| Component | Description |
|---|---|
| Study | A study is a container for all data and metadata associated to an experiment designed to assess OOCDB model response. |
| Matrices | Matrices used to group models within a study. |
| Matrix Items | Matrix items are the generic term for an individual OOCDB model. |
| Assay Images & Videos | Images and videos are attached to a matrix item and displayed within a study. |
Data Sources
| Source# | Data Sources | External Links | Description |
|---|---|---|---|
| 1 | PubMed | https://pubmed.ncbi.nlm.nih.gov/ | PubMed® comprises more than 30 million citations for biomedical literature from MEDLINE, life science journals, and online books. Citations may include links to full-text content from PubMed Central and publisher web sites. |
| 2 | Fda(food and drug administration) | https://www.fda.gov/ | The FDA provides information gathered from press releases and other public notices about certain recalls of FDA-regulated products. Not all recalls have press releases or are posted on this website. |
| 3 | PubChem | https://pubchem.ncbi.nlm.nih.gov/ | PubChem is an open chemistry database at the National Institutes of Health (NIH). |
| 4 | TogoWS | http://togows.dbcls.jp/ | TogoWS API documentation.TogoWS provides uniformed REST API for accessing major bioinformatics data resources and data formats. |
| 5 | UniChem | https://www.ebi.ac.uk/unichem/ | UniChem efficiently produces cross-references between chemical structure identifiers from different databases. |
| 6 | DrugBank | https://www.drugbank.ca/ | The DrugBank database is a unique bioinformatics and cheminformatics resource that combines detailed drug data with comprehensive drug target information. |
| 7 | Chembl | https://www.ebi.ac.uk/chembl/ | ChEMBL is a manually curated database of bioactive molecules with drug-like properties. It brings together chemical, bioactivity and genomic data to aid the translation of genomic information into effective new drugs. |
| 8 | LiverTox | http://www.livertox.nih.gov/ | LiverTox, a National Institues of Health (NIH) web site, provides up-to-date, accurate, and easily accessed information on the diagnosis, cause, frequency, patterns, and management of liver injury attributable to prescription and nonprescription medications, herbals and dietary supplements. |
| 9 | ClinicalTrials.gov | https://clinicaltrials.gov/ | ClinicalTrials.gov is a database of privately and publicly funded clinical studies conducted around the world. |
| 10 | AACT(Access to Aggregate Content of ClinicalTrials.gov) | https://aact.ctti-clinicaltrials.org/ | AACT is a publicly available relational database that contains all information (protocol and result data elements) about every study registered in ClinicalTrials.gov. Content is downloaded from ClinicalTrials.gov daily and loaded into AACT. |
| 11 | CDC(Centers for disease control and prevention) | https://www.cdc.gov/ | CDC works 24/7 to protect America from health, safety and security threats, both foreign and in the U.S. |
| 12 | Health Canada | https://www.canada.ca/en/health-canada.html | Health Canada is responsible for helping Canadians maintain and improve their health. It ensures that high-quality health services are accessible, and works to reduce health risks. |
| 13 | EMA(The European Medicines Agency) | https://www.ema.europa.eu/en | The European Medicines Agency (EMA) is a decentralised agency of the European Union (EU) responsible for the scientific evaluation, supervision and safety monitoring of medicines in the EU. |
| 14 | CTD(Comparative Toxicogenomics Database) | http://ctdbase.org/;jsessionid=004F0FF9F478AC5C6B218EC44E012910 | CTD is a robust, publicly available database that aims to advance understanding about how environmental exposures affect human health. |
| 15 | BRD(The Biospecimen Research Database) | https://brd.nci.nih.gov/brd/ | The BRD is a free and publicly accessible database that contains peer-reviewed primary and review articles as well as SOPs in the field of human Biospecimen Science. |
Recording Videos Demostrating Database Features
Instroduction of the Organ Chip Database (OOCDB)
Database
GSA
Device
Organs
Cancer Research
DrugBank
Patent
Chemcial
Toxnet
Brain Science
Featured Resources
Featured Resources
Organ on a chip study
Mathematical modeling
Brain on a chip
Standardization
Submission
数据库特色
器官芯片数据库介绍
欢迎来到器官芯片数据库。器官芯片数据库是一个统一的平台，为科研社区提供器官芯片生物大数据共享和应用服务。器官芯片数据库主要包括热门资源和特色资源。该数据库是所有学术研究人员的开放资源，我们也非常欢迎您加入我们并分享您的数据和经验。
数据库
- 1. 器官芯片组学原始数据库: 器官芯片组学原始数据库收集并整理了器官芯片的原始数据，并显示器官分类图和数量趋势。
- 2. 设备库: 设备库展示了如何制作器官芯片设备，包括芯片材料，尺寸，设计，加工和表面修饰。
- 3. 器官库: 器官库收集和整理有关器官芯片的文献，并提供通用的指标和器官索引进行搜索。
- 4. 癌症研究: 癌症研究显示了有关器官芯片的文献，并提供了常用的指标和器官指数进行搜索。
- 5. 药物库: 药物库展示了与器官芯片有关的常见药物的基本信息和化学结构的，可以链接原始来源。
- 6. 专利库: 专利库收集并组织了来自不同国家/地区与器官芯片相关的专利，并提供了过期日期和搜索的国家/地区，并且可以导下载专利数据。
- 7. 化合物数据库: 化合物数据库展示了基于器官芯片的化学物质的基本信息。
- 8. 毒物库: 毒物数据库显示了基于器官芯片的有毒物质，并提供不同的索引进行搜索。
脑科学
脑科学收集并整理有关脑研究的文献，并提供不同的搜索索引。
特色资源
- 1. 特色资源: 器官芯片数据库提供了基于器官芯片的四种特色资源，包括器官芯片研究、数学建模、大脑器官芯片和器官芯片标准化。
- 2. 器官芯片研究: 器官芯片研究展示了有内部结构的 x 光人脑解剖和躯干医学精确高质量三维模型。
- 3. 数学建模: 数学模型提供了组织富集分析，您可以与此数据库或客户提供的数据集中的标准数据集进行比较。
- 4. 脑器官芯片: 脑器官芯片显示了与大脑研究相关的国家专利分布图、学术论文发展趋势以及最新学术信息。
- 5. 标准化: 器官芯片标准化包括器官芯片装置标准化、器官芯片实验程序标准化、器官芯片数据分析标准化、器官芯片数据格式标准化。
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搜索东南大学微生理系统数据库
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- 单击“搜索”按钮
高级搜索
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- 在搜索栏下选择一个数据库(文献、 药物、基因组学原始数据库、专利)
- 选择检索条件，输入搜索文本
- 点击“+”或“-”添加或减少检索条件
- 点击下方搜索按钮进行检索
搜索和排序列表
在数据库中有许多地方可以进行搜索，搜索栏位于顶部
- 选择不同的指标
- 在搜索栏中键入搜索词
- 点击搜索按钮链接到所需的位置
指标包括以下内容
- 专利数据库中可以选择截至日期和国家
- 生物样本数据库和器官芯片数据库中可以选择不同的通用指标和器官指标
- 器官芯片组学数据库提供多个过滤指标（包括肾上腺、关节、胆汁、膀胱、血管、骨、脑、耳、食道、眼、生殖系统、心、肾、肝、肺、肌肉、神经系统、胰腺、前列腺、直肠、生殖系统、骨骼、软组织、脾、胃、胸腺、甲状腺）
- 毒物数据库提供十六种数据库指标
通用指标包括以下
- 细胞的来源
- 细胞的类型
- 蛋白质表达水平
- 相衬图像
- dic 图像
- 荧光图像
器官指数包括以下
- 心脏芯片
- 肝脏芯片
- 血管芯片
- 皮肤芯片
- 肺部芯片
- 肠道芯片
- 神经芯片
- 肿瘤芯片
- 生殖系统
- 胚胎芯片
16个数据库指标包括以下
- 疾病词汇(医学)
- 路径词汇
- 化学词汇
- 化学-路径丰富的关联
- 化学-go 丰富的关联
- 化学-基因相互作用
- 化学-疾病关联
- 化学-基因相互作用
- 暴露-事件关联
- 暴露-研究关联
- 表型(go)-疾病推理网络
- 基因词汇
- 疾病-路径关联
- 化学-表型相互作用
- 基因-路径关联
- 基因-疾病关联
数据提供者说明
步骤一
请简明扼要地描述您的研究，包括研究名称，类型，摘要，开始时间和使用的模型名称。您可以粘贴在文本区域或选择要上传的文件（Word或PDF）。
步骤二
请在下面的框中提交您的个人信息，主要包括您的姓名，组织/公司和电子邮件。
步骤三
请完成有关您的研究，器官或细胞类型以及设备型号的其他信息。 我们还需要您上传设备说明或图片。
步骤四
请填写药物或有毒物质，研究成果和专利（如有）。