顾忠泽教授
东南大学教育部长江特聘教授,国家杰出青年,美国医学与生物工程院fellow
我们是谁?
OOCDB数据库由东南大学顾忠泽教授团队创建和维护。顾忠泽教授(教育部长江学者、国家杰出青年、美国医学与生物工程院Fellow)长期从事器官芯片领域研究,目前已成功研制肝脏芯片、肿瘤芯片、心脏芯片、脑芯片等14种重要器官芯片,基于这些器官芯片模型,实验室正在产生大量的第一手的重要数据资源。同时,器官芯片项目由东南大学顾忠泽教授牵头,依托Dave Weitz、Michael Shuler、Kam W Leong、Arun Majumdar等院士团队,基于生物材料的器官芯片构建及应用教育部创新团队组建器官芯片科研团队。同时整合资源申报了国家重大科技项目-人体器官芯片的精准介观测量。
为什么要建东南大学器官芯片大数据平台(Organ on a Chip Database, OOCDB)?
器官芯片是一种以在微米尺度空间对流体进行操控为主要特征的科学技术。器官芯片已被认为是当代极为重要的新兴科学技术平台和国家层面产业转型的战略领域。器官芯片被世界经济论坛(达沃斯论坛)评为2016年世界“十大新兴技术”之一。目前,主流形式的微流控芯片指的是把化学和生物等领域中所涉及的样品制备、反应、分离、检测,细胞培养、分选、裂解等基本操作单元集成或基本集成到一块及平方厘米甚至更小的芯片上,由微通道形成网络,以可控流体贯穿整个系统,用以实现常规化学、生物、材料、光学等不同实验室的各种功能的一种技术。微流控芯片实验室的基本特征和最大优势是多种单元技术在整体可控的微小平台灵活组合、规模集成。人体器官芯片可以为医学、药学和生命科学研究提供与人体环境相仿的模型,为药物研发和筛选、疾病模型构建等研究提供替代动物和临床实验的数据。其产生的数据目前正处于“井喷”状态的前期。因此,建立中国国家器官芯片科学数据中心正当其时,也十分必要。
OOCDB是什么?
东南大学器官芯片大数据平台(Organ on a Chip Database, OOCDB)是一个为科研社区提供器官芯片生物大数据共享和应用服务的统一平台(Science as a Service),基于大数据、人工智能和云计算技术,提供专门针对器官芯片数据归档、计算分析、知识搜索、共享服务和可视化等数据服务。目前OOCDB整合了来源于自身实验室数据、注册合作者数据,以及已发表的公共数据,包括发表学术文献、专利以及公共数据库的数据。OOCDB将这些数据做了相应的数据整理归档,标注,分析以及可视化工作,最终形成:项目、组织器官、细胞类型、器官芯片装置、技术、疾病模型、药物与毒物、脑器官专库、在线分析模型及工具、可视化展示、标准化以及学术社区交流等10余个子数据库及模块。通过OOCDB搜索建立索引,并将这些数据与器官组织以及药物、毒物及疾病模型研究相关联,从而实现器官芯片数据从具体组织到项目研究再到信息数据全过程的可追溯性,达成综合数据的全贯穿。更为重要的是,我们的数据库实时更新,完成最新学术论文及相关信息的更新补充,同时提供器官芯片研究领域的最新进展,研究热点分析,学术相关领域的实时在线统计,将为全球器官芯片研究者以及产业、政府健康医药领域专家提供最为全面的、实时动态的最新的器官芯片研究领域的进展。我们的数据库为器官芯片技术的科学研究、产业应用、标准化制定提供数据基础和分析工具。
OOCDB数据资源
OOCDB基于国家器官芯片数据库的自身数据源和发表文献的数据源,及外部的NCBI、EBI、OpenFDA、TogoWS、UniChem、DrugBank、ChEMBL、clinicaltrials.gov、ctti-clinicaltrials.org、NAMCS/NHAMCS、TOXNET、GTEx等数据源,遵循INSDC、DataCite、GA4GH、GGBN、ACMG等国际标准联盟标准,构建了覆盖文献、研究、组织器官、药物、毒物、生理模型、疾病模型,提供数据归档、查询检索、计算等数据共享和应用服务。
如何引用?
请参考下面的文字引用OOCDB:
Organchip.seu.edu.cn: OOCDB; Organ on a Chip Database; DOI: https://doi.;Last edited: May. 9, 2020, 3:07 p.m.; Last accessed: May 17 2020 8:56 a.m.
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致谢
OOCDB数据归档,数据搜索,数据计算,科学数据库等服务外部数据源主要来自于NCBI、EBI、OpenFDA、TogoWS、UniChem、DrugBank、ChEMBL、clinicaltrials.gov、ctti-clinicaltrials.org、NAMCS/NHAMCS、TOXNET、GTEx等数据库的公开数据。我们衷心感谢这些数据库为我们提供了丰富的生物医药数据资源,并衷心感谢他们为生物数据归档和共享事业所做的贡献。OOCDB对这些公开数据资源无特殊的使用限制。但这些数据受这些外部数据库本身的条款条件的约束,在使用这些外部数据库公开数据前,请查看拟使用的每个数据库的具体条款和条件,确保遵守所有适用规定。
OOCDB提供的所有公开数据及数据服务,对于全世界的用户都是免费的。